Im Rahmen der wissenschaftlichen Begleitforschung wurden das gegenseitige Verhältnis der Controllinginstrumente betriebliche Umweltbilanz, Umweltkennzahlen und Flusskostenrechnung (ein erfolgreicher Ansatz für das Umweltkostenmanagement) näher untersucht. Ausgangspunkt war die Feststellung, dass alle drei Instrumente die Identifikation von kostensenkenden Umweltschutzmaßnahmen (Ökoeffizienzpotenziale) systematisch unterstützen. Die nähere Analyse zeigt zunächst, dass bei dem Vergleich der Instrumente zwischen einer Anwendung für Analysezwecke und einer dauerhaften DV-Integration des Instruments zu unterscheiden ist. Es wird deutlich, dass insbesondere eine gewisse Konkurrenzsituation zwischen Umweltkennzahlen und der Flusskostenrechnung bestehen. Dabei scheint es nach derzeitigem Kenntnisstand in vielen Fällen effizienter zu sein mit Umweltkennzahlen zu arbeiten, als die umfassende Form der Flusskostenrechnung anzuwenden. Allerdings gibt es offensichtlich auch Fälle, in denen mit der Flusskostenrechnung sehr gute Erfolge erzielt werden können. Damit kann die Flusskostenrechnung als ein Spezialinstrument und Umweltkennzahlen als ein Generalinstrument angesehen werden.